1987年在葡萄牙塞图巴尔胜利青年队开启执教生涯。
1992年至2000年穆里尼奥先后在葡萄牙体育、波尔图、巴塞罗那担任助理教练。
2000年至2002年穆里尼奥先后担任本菲卡、莱利亚主教练。
2002至2012年穆里尼奥先后在波尔图、切尔西、国际米兰、皇家马德里担任主教练。在此期间，穆里尼奥率队夺得2次欧洲冠军联赛冠军，并在葡超、英超、意甲、西甲实现连续150场联赛主场不败，夺得7次顶级联赛冠军。
2013年7月穆里尼奥重返切尔西，随后率队夺得2014-15赛季英超联赛冠军。
2016年7月穆里尼奥出任曼联主教练。
2019年11月穆里尼奥出任热刺主教练。
2021年5月4日，罗马足球俱乐部官方宣布，穆里尼奥成为球队新帅。[44]
导火索应该是队医事件，当时扎球王受伤，场上已经被罚下一人，队医进场后球员就需要离场，那样就会变成9打11，鸟认为无大碍，只是扎借受伤休息下，所以对队医发火。而球迷打出的标语“三只老鼠”也进一步指出了球迷心中的内鬼。只能说，鸟第二赛季拿到的冠军，让球员，高层，鸟都麻痹大意了，球员放假回来身体发福，状态不佳，高层认为既然夺冠无需费力引援，结果整来了300万的吉洛博吉，开赛后又着急麻慌的买来了佩刀。鸟下课有自身的原因，有球员的因素，更有高层那所谓的最己阵。
当年穆尼里奥二次入主切尔西，第一赛季自称小马驹轻松第三名，第二赛季记得很清楚从第一轮坐上榜首的切尔西一直在榜首待到38轮横扫英超夺冠，而德布劳内和萨拉赫在这个人才济济的队伍中都没有主力位置。第三赛季一下子沦落到保级圈边缘，这在穆尼里奥水平是不可能的，究竟发生了什么？主角是阿布亲信格拉诺夫斯卡娅，事件是穆尼里奥卫冕引援名单，一个没来，而来的是早已远离欧洲的帕托，曼联29场进一球的法尔考，现在都不知道干什么的巴巴，吉洛鲍吉，首发数场一个人未过无进球无助攻的意甲过人王夸德拉多。引起穆尼里奥强烈不满，双方矛盾势同水火。导火索是女队医，她是格拉诺夫斯卡娅的一个小棋子，把比赛已经焦头烂额的穆尼里奥告上了法庭。格拉诺夫斯卡娅再指点几个球员，大家都知道她是阿布的什么人，当然听她的安排，于是阿扎尔，米克尔，特里，小法，迭戈科斯塔...最搞笑也最能表演的是前一个赛季英超最佳右后卫号称恐怖伊万，成了切尔西右路走廊，让大家认识了英超十九位左边锋，其中记忆最深的前米兰球员尼昂，名不见经传，但因特殊名字我记得他。一场比赛下来，过伊万数次，这场发挥跟c罗梅西有的一拼。穆尼里奥是实实在在输给了个性，不懂得中国博大精深的中庸之道，倒在了权利之争舞台上，悲剧啊。
